Riksdag och regering har tidigare beslutat att Transportstyrelsens verksamhet i form av tillstånd, tillsyn och registerhållning i huvudsak ska finansieras med avgifter. Finansieringsformen startade vid årsskiftet 2011 och 2012 införs ytterligare några avgifter och några befintliga ändras. Störst förändringar sker inom järnväg och luftfart, på vägtrafikområdet genomförs endast små förändringar.
En är att Transportstyrelsen kommer att ta ut en avgift för den som anställer en chaufför, som är medborgare i ett land utanför EU. Myndigheten har redan tidigare haft rätt att ta ut en sådan avgift men bedömde i ett första skede att det var så få ärenden att kostnaden skulle bli försumbar. Det visade sig att det blev klart fler ärenden än man räknat med och från årsskiftet kommer därför ett förartillstånd för förare från tredje land att kosta 1 200 kronor.
En annan förändring är att Transportstyrelsen kommer att ta ut 75 kronor för kontroll av hållbarhetskrav enligt avgasreningsförordningen även för bussar. Avgiften har tidigare betalats av fordonstillverkarna för varje nyregistrerad personbil och lastbil.